Plusieurs plaintes d'origine associative ont été enregistrées par la Commission européenne pour dénoncer les risques pour l'environnement liés au développement de l'irrigation dans les départements des Deux-Sèvres, Vendée et Charente-Maritime :

• assèchement périodique de rivières et cours d'eau
• dégradation de la qualité de l'eau potable (eaux captées, eaux distribuées)
• assèchement de marais et de zones humides dont l'intérêt pour la faune, la flore et les habitats naturels est particulièrement important.

 Les directives européennes concernées par ces questions sont les suivantes :

• directive 75/440/CEE du 16 juin 1975 concernant la qualité des eaux superficielles destinées à la production d'eau alimentaire
• directive 80/778/CEE du 15 juillet 1980 relative à la qualité des eaux destinées à la consommation humaine
• directive 91/676/CEE du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles
• directive 85/337/CEE du 27 juin 1985 concernant l'évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l'environnement
• directive 92/43/CEE du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages