La Coordination participe aux instances et groupes de travail suivants :
- Commissions Locales de l’Eau des SAGE « Lay », « Sèvre Niortaise – Marais Poitevin » et « Vendée » ;
- Comité de Bassin Loire Bretagne (CDMP en tant que membre FNE) ;
- Comité national de l’eau (CDMP en tant que membre FNE) ;
- Commission de la Nature, des Paysages et des Sites en Deux-Sèvres ;
- Comité consultatif des réserves naturelles de la baie de l’Aiguillon et de la casse de la Belle-Henriette ;
- Conférence départementale de l’Eau en Deux-Sèvres et groupes de travail « sécheresse » des Deux-Sèvres. Cellules de vigilance « sécheresse » de la Vendée ;
- Comité de gestion de l’eau de la Vendée ;
- Comité de surveillance du programme de retenues de substitution de l’Autise ;
- Comités de pilotage ou de suivi des Contrats Territoriaux de Gestion Quantitative et des programmes de réserves de substitution du bassin versant, soit directement, soit par l’intermédiaire de ses associations membres (LPO-MP, DSNE) et dans la mesure où les associations sont invitées ;
- Comité de pilotage Natura 2000 du site Marais poitevin ;
- Conseil d’administration de l’Observatoire Régional de l’Environnement Poitou-Charentes (ORE) ;
- Conseil d’administration de l’établissement Public du Marais Poitevin (EPMP) ;
- Conférence des APNE du PNR Marais poitevin ;
- Comité de Pilotage MAE-C ;
- Groupes de travail mis en place par l’EPMP pour l’établissement de réglements d’eau ;
En 2018, la Coordination pour la défense du Marais Poitevin a été auditionnée par la Cellule nationale d’expertise relative à la gestion quantitative de l’eau pour faire face aux épisodes de sécheresse, présidée par M. le Préfet Bitsch.
Elle a également participé aux réunions techniques de concertation présidées par le Préfet des Deux-Sèvres et ayant abouti au protocole d’accord sur les réserves de substitution.