Un comité de pilotage, installé le 11 avril 2001, a été créé pour accompagner la rédaction du document d'objectifs du site du Marais Poitevin, proposé par les autorités françaises pour intégrer la liste des sites d'importance communautaire, dits « sites Natura 2000 ».

Le Marais Poitevin a d'abord fait l'objet de désignations successives de certains de ses espaces en zones de protection spéciale (Z.P.S.), au titre de la directive n° 79/409/CEE (directive Oiseaux).

Un arrêté en date du 27 août 2002 est venu officialiser ce statut. Une modification est intervenue (extension du périmètre) par l'arrêté du 23 décembre 2003 publié au Journal Officiel du 26 décembre 2003.

Puis, par une décision en date du 7 décembre 2004, la Commission Européenne a inscrit le Marais Poitevin sur la liste des sites d'importance communautaire de la région biogéographique Atlantique.

Ce site Natura 2000 totalise une superficie de 68 023  hectares.
Les milieux concernés sont :

• terrestres (principalement des prairies, mais aussi certaines parcelles cultivées, des roselières, certains boisements, d'anciennes tourbières, etc.) ;
• aquatiques (réseau hydraulique) ;
• maritimes (vasières, Baie de l'Aiguillon, milieux dunaires ou lagunes...).

A la suite de cette inscription sur la liste des sites d'importance communautaire, les autorités françaises ont l'obligation d'y désigner une zone spéciale de conservation au titre de la directive 92/43/CEE du Conseil concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvage. Ainsi, un arrêté ministériel du 13 avril 2007 a désigné une zone spéciale de conservation pour la partie du Marais Poitevin située dans la région Poitou-Charentes (Charente-Maritime et Deux-Sèvres). Une décision équivalente manque toujours pour la partie Pays-de-la-Loire (Vendée).

Le document d'objectifs Natura 2000 (Docob) a été approuvé par un arrêté du préfet de la Région Poitou-Charentes en date du 18 décembre 2003. Sa validité est de 6 ans ; des évaluations régulières devraient en être conduites, et un Observatoire du patrimoine naturel a été créé, avec l'ambition de fédérer l'ensemble des suivis biologiques sur la zone humide du Marais poitevin.

L'ensemble de la démarche est placée spous la responsabilité d'un opérateur : le Parc interrégional du Marais Poitevin (www.parc-marais-poitevin.fr).

Le Parc intérrégional du Marais Poitevin a aussi mis en oeuvre, en 2004-2008, un programme Life Nature dédié à la conservation des espèces et des habitats les plus remarquables du Marais Poitevin.